W latach 1973-1976 studiował teologię na Wydziale Teologicznym Towarzystwa Jezusowego "Bobolanum" w Warszawie. Święcenia kapłańskie przyjął w Nowym Sączu dnia 31 lipca 1976 roku. W roku szkolnym 1978/79 był wikarym w parafii Najświętszego Serca Pana Jezusa w Nowym Sączu i zajmował się głównie katechezą. Kolejne dwa lata pracował jako pomocnik (socjusz) magistra nowicjatu w Starej Wsi. W roku akademickim 1981/82 o. J. Augustyn studiował teologię duchowości na Uniwersytecie Gregoriańskim w Rzymie, gdzie spotkał o. Federico Arvesu, jezuitę kubańskiego, profesora duchowości i kierownika duchowego, który miał wielki wpływ na jego późniejsze zaangażowanie rekolekcyjne i duszpasterskie. Kolejny rok o. J. Augustyn pracował jako redaktor Polskiej Sekcji Radia Watykańskiego. W roku akademickim 1983/84 odbył we Francji tak zwaną "trzecią probację" (rok formacyjny wieńczący całą formację jezuity) pod kierunkiem jezuity belgijskiego, o. André de Jaer. Miała ona miejsce we wspólnocie Arka (założonej przez Jean Vanier) w Trosly-Breuil pod Paryżem. Uroczystą profesję zakonną o. J. Augustyn złożył dnia 2 lutego 1986 roku w Czechowicach-Dziedzicach. W latach 1984-1991 Józef Augustyn pracował w domu rekolekcyjnym w Czechowicach-Dziedzicach jako animator rekolekcji i kierownik duchowy. Tutaj rozwijał rekolekcje oparte na Ćwiczeniach duchownych św. Ignacego Loyoli, które stawały się w Polsce w tym okresie coraz bardziej popularne. Cechą charakterystyczną tych rekolekcji, które trwają osiem dni, było pełne milczenie oraz codzienne rozmowy indywidualne z kierownikiem duchowym. W 1991 roku o. Augustyn został przeniesiony do Częstochowy, gdzie wraz ze współbraćmi tworzył nowy ośrodek rekolekcjyny: Centrum Duchowości. W tym czasie odbył też kilka staży w centrach duchowości i ośrodkach rekolekcyjnych na Zachodzie: Wepion ­ Belgia (1984); Lyon (1984); Quebec (1989), Rzym (1994); Varese ­ Włochy (1997).
      W latach 1985 - 2000 organizował doroczny Kurs Duchowości Ignacjańskiej (zainicjowany kilka lat wcześniej przez współbraci: Mieczysława Bednarza (1917-1993) i Norberta Kotyłę (1941-1984) oraz Bogusława Steczka (1945), który podejmował pogłębioną refleksję nad duchowością Ćwiczeń duchownych św. Ignacego Loyoli. Materiały z kursu były publikowane w serii "Duchowość Ignacjańska". Obok pracy w domach rekolekcyjnych o. J. Augustyn prowadził rekolekcje i skupienia w parafiach, duszpasterstwach akademickich, seminariach duchowych diecezjalnych i zakonnych.
Poszerzone i przepracowane wydanie jednej książek o. J. Augustyn przedstawił jako doktorat, który obronił w 1994 roku na Wydziale Teologicznym Akademii Teologii Katolickiej w Warszawie. W 1994 roku zostaje adiunktem najpierw na Wydziale Filozoficznym Towarzystwa Jezusowego w Krakowie, a od 1999 roku w Wyższej Szkole Filozoficzno – Pedagogicznej "Ignatianum" w Krakowie, gdzie prowadzi wykłady z zakresu pedagogiki i życia duchowego. W 2002 roku uzyskuje habilitacje na podstawie dorobku naukowego oraz pracy Wychowanie do czystości i celibatu kapłańskiego. W 2003 roku Wielki Kanclerz Wyższej Szkoły Filozoficzno – Pedagogicznej "Ignatianum" w Krakowie, General Towarzystwa Jezusowego, Peter – Hans Kolvenbach, po udzieleniu nihil obstat przez Watykańską Kongregację ds. Wychowania Katolickiego, mianował Józefa Augustyna profesorem nadzwyczajnym "Ignatianum".
W okresie gorącej dyskusji w Polsce (1997-1999) nad wychowaniem do życia w rodzinie prowadzonym w ramach zajęć szkolnych o. J. Augustyn zostaje zaangażowany zarówno przez Komisję Episkopatu Polski ds. Wychowania Katolickiego, jak też Ministerstwo Edukacji Narodowej w prace przygotowujące program wychowania prorodzinnego dla szkół podstawowych oraz ponad podstawowych. Od 1996 roku, z upoważnienia Ministra Edukacji Narodowej i rekomendacji Komisji Katechetycznej Episkopatu Polski, jest rzeczoznawcą podręczników w zakresie wychowania do życia w rodzinie; a w latach 1997-2000 pełni funkcję recenzenta środków dydaktycznych Edukacji Zdrowotnej Ministerstwa Edukacji. Jego książka "Jak zgadzać się na własne życie" stała sie rynkowym przebojem i bestsellerem jeszcze przed jej wydaniem.